Al interior, el templo se organiza en tres naves, más
alta la central; cubiertas por bóveda de medio cañón; y con sucesivos pilares cruciformes
sustentando arcos fajones y formeros. (Imágenes
1 y 2).
El ábside central está oculto por un retablo
renacentista datado en 1602, obra de Juán de Berrueta y Juán de Allí, centrado por la talla
del titular del templo; tocado con alta tiara y con las llaves en la mano derecha (Imágenes 4 y 5).
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Los fajones que
segmentan las naves han sido modificados
en su mayoría. En origen fueron doblados continuándose por medio de dos pilastras adosadas, de las cuales la más
interior ha desaparecido en casi todos ellos apeando la dobladura del fajón en su arranque a modo de ménsula
cisterciense. Hacia abajo queda la "costura" de donde se hallaba el elemento desaparecido.
Los espacios laterales del transepto cubren con bóveda
de medio cañón de eje perpendicular al del templo (Imagen 3).
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En el ábside que remata la nave sur (Imágenes 6 a 9) se halla una bella escultura gótica del XIV,
en piedra policromada de Nuestra Señora de las Nieves.
En la imagen 10, se aprecia el ábside norte; de la misma hechura que el anterior: tambor cubierto
por cuarto de esfera con intermedio de imposta ajedrezada; y por delante, presbiterio cubierto por medio cañón.
Centrando ambos, sendos ventanales rehundidos de doble derrama.
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Junto a la cabecera norte, en la parte más anterior del muro, abre una
portada de cuatro arquivoltas con capiteles lisos que da paso al interior de la torre, a lo que se conoce como capilla
de San Ponce de Tomiers (Imagen 11).
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En la imagen 10, se aprecia el hecho de que el eje del cilindro absidal norte es claramente divergente
con respecto al eje principal de su nave. El lado de nuestra derecha de su embocadura, sobresale notablemente
más que el izquierdo. Se ha intentado explicar aduciendo que quizá sea este ábside resto de
la primitiva iglesia, y que la existente se edificó con posterioridad, conservándolo.