Las imágenes 9 a 11 corresponden al arranque de la cripta. Destaca el hecho de que la propia roca constituye la primera parte de los paramentos verticales. En ella se ha excavado un perfil de la cabecera sobre el que asentar las sucesivas hiladas de sillares. Similar técnica he visto en la cripta de la iglesia de Santiago, en Luna.
Se aprecia en las imágenes 10 y11, arriba, una hilada de sillares de contorno angulado; no coherente con la estructura a desarrollar; y además de diferente calidad y conservación que los inferiores. Puede corresponder a alguna estructura realizada tras la ruina del templo; o a su reaprovechamiento.
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El muro de la izquierda en la imagen 9; con un paso central de acceso a la cripta, puede ser parte del sistema de soporte de la cabecera que sobre ella habría. Tras él, un espacio que se hallaba colmatado y que pudo en su momento contener sendas escaleras de descenso (?).
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La imagen 12 muestra una vista de conjunto de la nave, desde sus pies. La número 13 corresponde al arranque del muro sur, con lo que parece un contrafuerte adosado al mismo. A continuación, vista de la nave, desde el lado norte del ábside. Al fondo, en el horizonte, la ermita de la Alegría.
En resumen y aventurando hipótesis: se trataba de un gran templo canónicamente orientado; que se arruinó y reutilizó (los contrafuertes añadidos quizá apunten a la causa de su ruina, por la poca consistencia del terreno). Se proyectó de nave única con cinco tramos, mas amplio presbiterio y cripta bajo su cabecera. El acceso a la cripta, desde el interior del templo por sendas escaleras laterales desde el presbiterio. La cripta excavada en la roca viva, se componía de bóveda de cuarto de esfera precedida de un corto tramo de medio cañón.
Los tramos de la nave se marcarían por contrafuertes apeados en pilastras de las que se conserva su arranque. Por la época de construcción la bóveda debería de ser de medio cañón. Dadas las características del terreno, es dado pensar que la portada del templo se situase a los pies del mismo. Apuntaba por la alargada planta al estilo de la iglesia de santa María de Uncastillo; la cual ya en 1099 recibía donaciones del rey Pedro I; pero el templo actual no es de esa fecha, sino del XII avanzado.
También San Juan, pudo correr suerte similar; temprana fundación y remodelaciones y posterior ruina... El enigma sigue abierto y es campo para que los arqueólogos aporten datos objetivos.