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Al interior, el templo es de nave única, cubriéndose mediante bóveda apuntada, reforzada con fajones doblados que apean a través de capiteles en semicolumnas adosadas. El fajón que marca la separación entre ábside y presbiterio, lo hace a través de doble columna. (Imágenes 1 y 2)Dos nervaduras refuerzan el ábside (apearán en columnas con su capitel, que no se ven por el retablo) y convergen con el mencionado primer fajón, mediante una graciosa pieza con una cara de león tallada (Imagen 3)
Los capiteles al interior del templo son de correcta ejecución, pero de hechura sencilla. Nada que ver con los vistos en su portada sur. Predominan motivos vegetales de poco relieve, como lo visto en el doble de la imagen 4, de idéntica hechura a algunos de Santiago de Agüero. También hay algunos totalmente lisos, y resalto la graciosa y sencilla decoración de uno de los capiteles adosados al muro norte (Imagen 5), a base de decoración de medias lunas.
Bajo la cabecera, hay cripta, a la que se accede en la actualidad por escalinata central si bien en origen había dos estrechas escaleras laterales, como atestiguan sus cegadas puertas de acceso a la cripta (Imagen 8). Muy modificada su estructura, no es factible reconocer elementos originales en la bóveda; y su cabecera está oculta por un retablo con un bello Cristo de gran devoción local (Imágenes 6 y 7).
La imagen 9 muestra la nave, con coro alto a los pies: y la 10, una bonita pila benditera decorada con esvásticas o "laburus". A los pies del templo, bajo el coro, la pila bautismal, grande y de sencilla hechura en la que según tradición local, fue bautizado un judío (Imagen 11)