Bajo la cabecera, con acceso por escalinata central, se halla la cripta parcialmente excavada en el propio estrato de arenisca en que asienta el templo. Consta de un ábside de cuarto de esfera, que arranca directamente de la roca; y por delante, un tramo de bóveda de medio cañón.
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Unos 40 - 50 cm de roca viva, excavada, constituyen una especie de pequeño paramento vertical labrado en el seno de la piedra. (Imágenes 1 a 4)
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Al norte de la cabecera del templo, en lo que era sacristía, hay excavadas y expuestas varias sepulturas antropomorfas; que como en San Gil, se encontraban al exterior del lado norte. (Imagen 6).
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La cripta de Santiago es de una bella sencillez en su elaboración. No se ha permitido ningún "lujo" en la misma. Y por no tener no tiene ni siquiera vano. Una bóveda de cuarto de esfera perfectamente articulada con corto tramo de medio cañón, y nada más. Incluso el sitial del sacerdote se labró en la piedra viva, tras el altar.
