Las imágenes 2 a 4 muestran los tres ábsides de la cripta de Santa María del Perdón; en la misma posición que en ella se encuentran. Tanto en norte como el central están decorados con pinturas de estilo gótico lineal, datable en el XIV. El altar del ábside sur, decorado pictóricamente con un ciclo de la vida de San Pedro se trasladó al ábside central donde sigue. La imagen de la Titular de la cripta, Nuestra Señora del Perdón bella imagen del XIII, ocupa su lugar en el ábside central. En el ábside norte se hallaba el Cristo románico que hemos visto en la iglesia superior.
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El ábside norte se decora con pinturas datadas en 1378 según inscripción sobre la ventana (Imagen 6 ): "AÑO DEL SEÑOR 1378 HIZO PINTAR GUILLEN DE SAN GIL Y SU MUJER ELVIRA LONGAS A LOS CUALES DE DIOS PARAISO AMEN"
Sobre esta inscripción, cruz de consagración y encima una imagen del Agnus Dei. A ambos lados, representaciones de San Gil y escudos heráldicos probablemente de la familia que costeó su decoración. En la parte alta del cilindro absidal, varia escenas de la vida pública de Cristo; y en la bóveda, un Pantocrator en Mandorla rodeado de los Tetramorfos. (Imágenes 1 y 5 ).
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El ábside central se dedica a la Virgen del Perdón. Su talla románica del XIII (Imagen 12 ) lo preside. Se decora su bóveda en dos registros: en el superior Cristo coronando a La Virgen; y en el inferior diversos pasajes de la vida de la Virgen: Anunciación, Nacimiento de Cristo, Epifanía, Resurrección de Cristo, Ascensión a los Cielos y la venida del espíritu Santo. Cada una de estas escenas se halla bajo arco trilobulado gotizante. En el cilindro absidal, escenas bíblicas y lucha de caballeros en el centro (Imágenes 7 y 8).
Los fajones están decorados, con abundantes personajes bíblicos en sus intradós. Entre ambos, en el tramo recto de la bóveda un ajedrezado blanco y rojo. En el lado norte una escena de la crucifixión. (Imagen 10 ) y en el opuesto, la dormición de María.
El altar que se halla en este ábside, decorado con pinturas sobre la vida y martirio de San pedro (Imágenes 9 y 11 ), corresponde al ábside sur.
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