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El interior del templo guarda vestigios del que fuera original de época románica; que a juzgar por la altura de vuelo del arco formero de acceso al brazo sur del seudocrucero (Imágenes 1 y 2), debió de ser magnífico.
Como ya he apuntado, la orientación del templo, se invirtió al tiempo que se derribó su ábside para edificar la actual portada. Un poco por detrás del transepto, se edificó un nuevo altar; "occidentado" hacia Pamplona.
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Los accesos a ambos brazos del crucero pueden apreciarse en las imágenes 1, 3 y 4. En el espesor del muro este de ambos brazos, se dispusieron sendos absidiolos; (Imágenes 4, 7 y 8) que no tienen otra manifestación al exterior que su ventanal, al modo de lo que ocurre por ejemplo en San Pedro de Siresa o Santa María de la Serós. Los vanos son cruciformes al este y sur y en forma de óculos a poniente. Además hay un ventanal derramado bajo el cruciforme de los muros laterales.
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La imagen 5, muestra en detalle la zona superior del acceso al brazo sur, desde la nave con el arco formero y su dobladura. La estructura horizontal inferior, es posterior, de la época de las reformas del templo; en las que se debieron de desmontar de su ubicación algunas estructuras, como el gran capitel que sirve de soporte a la pila bautismal moderna situada tras la puerta de acceso este al templo. En ella, escenas populares de San Úrbez pastoreando su rebaño, y caritas angélicas la decoran. (Imagen 6).
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Desde el brazo sur del crucero (Imagen 1), un vano cuadrado rematado por tímpano liso, da acceso a una bonita escalera de caracol que permite el ascenso a la torre-campanario. (Imágenes 9 y 10).
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En el brazo norte del crucero, tras una reja, se halla el retablo moderno con las imágenes talladas en madera de San Úrbez, flanqueado por los santos complutenses Justo y Pastor (Imagen 12). Puede verse en la imagen 11 el absidiolo excavado en su muro este y sobre el mismo, uno de los ventanales cruciformes.