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Al interior, la iglesia es de nave única cubierta por medio cañón; con crucero rematado por bóveda de media esfera (Imágen 17), situándose en las pechinas escudos de algunas abadesas. Las imágenes 16 y 17, ilustran los brazos sur y norte del crucero, respectivamente. La imagen 12 corresponde al ábside sur y la imagen 13, al detalle del ventanal que centra el ábside central.En la imagen 11, se aprecia el apeo en grandes ménsulas, a notable altura, de los arcor fajones; obviando las previsibles columnas. Esto es típico del momento cisterciense; y encaja dentro del conjunto de austeridad en las formas. Lo mismo ocurre con las columnas de apeo de los arcos torales del crucero; estas iniciadas; y con las de apeo del arco triunfal del ábside central; que se construyeron enteras, y simplemente se desmontaron.
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El ábside norte, está oculto por un retablo-collage; en el que destaca en su zona inferior parte del retablo original del templo, quemado en la guerra civil; así como la imagen de Nª Sª de Gloria, a cuya advocación se dedicó el monasterio. Era una talla sedente románica, sin niño.
Fue quemada en la gran guerra; pero un joven halló su cabeza, que restaurada, forma parte de la imagen reconstruida.En la parte posterior del templo (Imagen 19) una zona de clausura, cerrada con celosía de madera, nos retrotrae a otros tiempos. Comunica directamente con las dependencias monásticas. Sobre ella, el coro, de sillería de madera; de la misma mano que la de San Pedro el Viejo de Huesca. Se libró de los incendios de la guerra. (Imágenes 20 y 21).