En la parte alta de los muros de la nave, una serie de arquillos al modo lombardo, apeando en ménsulas decoradas, sustentan la cornisa .
Particularmente bello es el ventanal que centra el brazo sur del crucero (Imágenes 1 y 4 ), compuesto de cuatro arquivoltas muy abocinadas y sobresalientes del nivel del muro, que apean en sus correspondientes capiteles de motivos vegetales.
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Las imágenes 5 y 6 , muestran los ábsides sur y central respectivamente. La decoración del ventanal de este último (Imagen 7 ) es tan delicada como la del transepto. La decoración de la arquivolta externa, es notablemente similar a la decoración de los ábacos del friso de la iglesia de San Pedro de Fraga.
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El ábside norte (que aún figura en plano del edificio, tomado de Enríquez de Salamanca), ha desaparecido, sustituido por una discordante construcción en ladrillo que alberga los enterramientos de algunas de las monjas de la comunidad (Imagen 11).
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Las imágenes 8 a 11 muestran el exterior del Panteón Real; prolongación al norte del transepto. Posee testero plano al exterior, con ventanal centrándolo, similar al del ábside sur. Al interior alberga un ábside de tambor.
Sus esquinas están decoradas con columnas incluidas en ángulo del muro y rematadas por capiteles lisos. Ménsulas simples sustentan la cornisa.
Sobre la estructura, una torrecilla de la misma hechura: columnas con capitel liso decorando los ángulos. Un ventanal de medio punto con columnillas centra cada lienzo.(imagen 10)
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