El interior del templo es austero, en especial si tenemos en cuenta la rica decoración de sus portadas. Un hecho tan poco frecuente como agradable es que todas las veces que lo he visitado lo he encontrado abierto. No hay ningún impedimento para acceder al interior. Debería ser lo normal; pero desgraciadamente es una agradable excepción.
Se compone de alargada nave que cierra al este por cilindro absidal cubierto mediante bóveda de cuarto de esfera apuntada y prolongada hacia la nave por medio de corto tramo de medio cañón asimismo apuntado. Despista la pintura actual, que da la sensación de bóveda más reducida de lo que en realidad es. Cinco ventanales derramados al interior y aspillerados al exterior, abren en cilindro absidal y presbiterio entre dos líneas de imposta.
Tras ella, el primer fajón doblado y apuntado la articula con la nave.
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Consta la nave de 6 tramos (muy reducido el último) delimitados por seis fajones doblados y apuntados, que apean por medio de capiteles de decoración geométrica en semicolumnas adosadas a pilastras. Una imposta biselada que también recorre la cabecera, se continúa por la nave a la altura de los ábacos.
La segunda importa que veíamos en la cabecera bajo los ventanales aparece de modo discontinuo decorando semicolumnas y pilastras. Entre ellas, excavados en el espesor del muro, grandes vanos ciegos de medio punto utilizados como múltiples capillas laterales. En una de ellas, hacia la cabecera en el muro sur, se halla la pila bautismal (Imagen 7).
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A los pies del templo existe un coro alto edificado en sillería sobre varias arcadas de medio punto rebajado que arrancan directamente del muro, a corta altura del pavimento.
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Templo muy oscuro al interior que requiere trípode y larga exposición para ser documentado con la luz ambiente. La recompensa: imágenes bellas de sus capiteles, que con la proximidad de los puntos de luz, resultan impracticables con la iluminación encendida.
A continuación las imágenes 8 a 17 muestran los capiteles sobre los que voltean los arcos fajones del templo.
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A continuación muestro una colección de marcas del templo de San Miguel. Pasando el cursor sobre el cuadro, podrás ver realzado su perfil.
En la cabecera del templo, hay muy pocas marcas, y mayoritariamente corresponden al número 13 ("B"). La veremos en los medios puntos monolíticos de algunos vanos.
El mayor número de marcas corresponden a los números 8 y 11 y las hallamos en la porción posterior del templo, en altura. Probablemente equipos destajistas que cerraron muros.
El las portadas: en la sur abunda la marca "S" (6) que también hallamos en la portada oeste. La "A" estilizada (2) solo aparece en la portada sur. miemtras que el gorro del Joker (1) solo lo hace en la oeste. Por cierto, que esa marca es rara, y solo la he visto en Eunate, "acusada" de templaria.
La cruz potenzada (7) aparece en la portada oeste. Y es importante por cuanto que es denominador común en todos los lugares donde trabajó el maestro de Agüero, identificándose con él mismo o su taller.
En uno de los contrafuertes del lado norte de la nave, al exterior, hallamos una marca poco frecuente repetida cuatro o cinco veces. Es un podón de vendimiador (15) con el mango marcado. También es símbolo del apellido "Foz, La Foz o Lahoz".
Y solo una vez aparece la marca 5: lanza-pica con banderola. Se sitúa en el frontal de una dovela de la portada sur, aparentando diagonal y compartiendo lugar con una cruz potenzada.