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Al interior el templo se San Esteban nos muestra su arquitectura a base de tres naves en paralelo, más ancha y elevada la central, rematadas al este por medio de sendas cabeceras absidales. La central cuenta con una amplio presbiterio que tiene prácticamente el mismo fondo que la totalidad de las cabeceras adyacentes (Ver planta).
Posee una amplia nave transepto, de mayor amplitud que el resto de los tramos del templo y que no destaca de su perfil en planta. Los brazos laterales de la misma se cubren por medio de bóvedas de medio cañón de ejes perpendiculares al longitudinal del templo
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El crucero cubre con bóveda de arista reforzada por nervaduras dobles de sección tórica (Imágenes 4 y 6). El tramo posterior de la nave central acoge un elaborado coro alto en piedra edificado en 1530 por el maestro Nicolás de Chalons que alberga sillería renacentista elaborada en 1556 (Imágenes 12 a 14).
Las naves se articulan por medio de cuatro columnas exentas de sección cruciforme con semicolumnas adosadas. Segmentan el templo en dos tramos por nave y posibilitan el apeo de fajones y formeros de medio punto en los respectivos capiteles.
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Los ábsides laterales presentan en su embocadura arco triunfal doblado y al interior, entre dos impostas, una sucesión de cinco arquillos apeados en columnas de los que el central acije el respectivo vano derramado (Imágenes 3 y 4). Los arquillos adyacentes al central son más estrechos y peraltados para mantener la altura de sus claves (Imágenes 9 y 11). Cubren con bóveda de cuarto de esfera.
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La cabecera central, muestra una disposición análoga, con la salvedad de que posee un presbiterio amplio delimitado por el arco triunfal y un fajón alzado sobre semicolumnas adosadas (Imágenes 4 y 22). Recibe su cilindro tres vanos siendo sus arquillos también en número de cinco, a los que se han de añadir los dos del presbiterio, ciegos. Los que en su cilindro no cobijan vano, son marcadamente peraltados, más altos que en los laterales y además las columnillas en que apean son dobles, acentuando la sensación de alargamiento. Recuerdan a lo visto en Santa María de Uncastillo.
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En la capilla existente a los pies de la nave central, hallamos la bella escultura del Cristo del Perdón (Imágenes 16 y 17). Edificada en el siglo XV como lugar funerario de don Alonso de Artieda, acije hoy al Cristo de cuatro clavos del XII que hasta 1967 estuviera en el ábside del Evangelio de la cripta. Es un Cristo Triunfante, vivo, con una expresión de serenidad en su rostro que impresiona.
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Las naves laterales, más estrechas y de menos altura que la central cubren en cada uno de sus tramos con bóvedas de arista reforzadas por medio de nervaduras sencillas de sección tórica (Imágenes 18 y 19).
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A los lados de las naves se abrieron tras demoler sus muros originales, varias capillas añadidas. La abierta en el lado sur del tramo anterior de la nave de la epístola comunica con el exterior por la llamada puerta pequeña y se conoce como capilla bautismal por albergar una bella pila románica en la que según la tradición fue bautizado en 1452 el que sería rey Fernando El Católico. Le bautizó Don Jorge de Bardají, Obispo de Tarazona. Un año después, en la Catedral de San Salvador de Zaragoza, se celebró el "bautizo oficial" por el Arzobispo Dalmau de Mur.
De la misma hechura que esta pila, y posiblemente ambas labradas por la misma mano, se conserva otra en la no lejana localidad de Barués trasladada a su iglesia desde el entorno cercano de Saos.
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