El lugar donde hoy se alza el convento de Benedictinas, al extremo oriental del "decúmano" (actual calle Mayor), fue en origen el emplazamiento del palacio Real de Ramiro I, antes de que su hijo, el innovador monarca Sancho Ramírez trasladase también al urbanismo de Jaca el modo de hacer de Roma.

La comunidad monástica femenina estuvo antes en Santa Cruz de la Serós. Ramiro I les confió a su hija menor, Urraca en 1061. El esplendor del monasterio se alcanzaría con la llegada al mismo de la condesa doña Sancha, hija de Ramiro I y viuda del conde Armengoll III de Urgell muerto en la toma de Barbastro en 1065. Su llegada al monasterio parece ser que fue hacia 1070. El templo al que llegó debió de ser el que las excavaciones han puesto de manifiesto parcialmente en la cabecera del actual. Seguramente sería de hechura hispanovisigoda, como la iglesia de San pedro el Viejo de Jaca. En 1095 doña Sancha recogía bienes para la fábrica de un nuevo templo que debía de estar en fase edificativa de su cabecera.

La condesa doña Sancha fallece en 1097 y fue enterrada en Santa María. Parece ser que su sobrino el rey Pedro I fue quien ordenó la labra de su sarcófago que en 1610 según Juan B. Labaña se situaba en el lado izquierdo de la iglesia. Se apunta hacia e intervalo de 1096 - 1110 para su labra. Mide 2 metros de largo, 80 cm de ancho y 50 cm de altura. Fué trasladado a Jaca en 1622 utilizando a tal fin rodillos de madera y tardando más de tres días en recorrer la distancia hasta la mencionada ciudad a la que llegó el 28 de noviembre de 1622. Fue colocado en la iglesia en semejante situación a la que tuvo en Santa Cruz de la Serós. En su interior se depositaron los restos de la condesa, de su predecesora, Urraca Fernández y los de su hermana, la infanta Teresa Ramírez.

El actual templo de "las Benitas" se alza sobre el que fuera templo original del palacio de Ramiro I que ha quedado en funciones de cripta. Del las bóvedas de su nave proceden las pinturas pasadas a lienzo por Gudiol, que se situaban en la iglesia superior y en las dependencias monásticas de la comunidad. La cabecera del templo inferior, conocido como "Santa María Baxo Tierra" ha desaparecido, aunque los vestigios que se advierten permuten conjeturar que tuviese un testero plano, congruente con la época de Ramiro I, al igual que San Pedro el Viejo. Las pinturas datan de una fecha próxima a 1200.

A finales del año 2013 se ha recolocado el sarcófago y también las pinturas pasadas a lienzo. El hecho de haber cesado la actividad docente de la comunidad ha permitido que en una de las aulas carentes de función frente a los pies del templo y lindando con la calle Mayor se haya conformado un pequeño museo donde se muestra el sarcófago y las pinturas de la cripta. El sarcófago en esta nueva situación, exento, permite su observación completa, sin interposición de mampara de vidrio y sin que la proximidad del muro impidia la visión de conjunto de su cara posterior.

Ahora pueden disfrutarse por completo de todas las escenas del sarcófago así como de las pinturas de la cripta. La visita puede gestionarse a través del Museo Diocesano de Jaca. En la actualidad (Diciembre de 2013) dos de las pinturas (Pantocrator y ángeles) están en fase de restauración en la Escuela Superior de Conservación y Restauración de BB. CC. de Aragón. El resto, mostrada en la pagina, pueden visitarse en Jaca.