Los constructores
del templo renunciaron poco tiempo tras su replanteo a cubrirlo con bóvedas de
piedra. Lo indica la levedad de las separaciones entre naves así
como la falta de contrafuertes o el suficiente espesor de los muros laterales
que hubieran podido contrarrestar el empuje de la carga de las bóvedas.
Por tanto la cubierta original fue con seguridad de tejado de madera a
dos aguas en la nave central y en un plano inferior, a una sola agua las
laterales. Todo ello siguiendo modelos clásicos de basílicas
romanas.
Diversos
incendios destruyeron las cubiertas del templo (1400, 1440, 1460). Las naves laterales se cubrieron
con bóveda de crucería hacia 1520 siguiendo el proyecto de
Juan Segura. La central en el mismo estilo en 1598, siguiendo el plan de
Juan de Bescós y ya rayando el siglo XVIII tuvo lugar la triste destrucción y posterior reedificación del ábside central entre mayo de 1791 y 1972, decorándose con pinturas al fresco de fray Manuel Bayeu quien según figura en el libro de gestis debió de ser el "sujeto" encargado de la demolición y reconstrucción del ábside central.