Entre pilares cruciformes y cilíndricos, voltean altos arcos formeros
que descargan, bien en el gran capitel que corona cada pilar cilíndrico, o en los que rematan las semicolumnas
cortas de los cruciformes. Dejan amplios vanos que comunican las naves laterales con la central.
Los constructores del templo renunciaron desde su origen a cubrirlo con bóvedas
de piedra. Lo indica la levedad de las separaciones entre naves, así como la falta de contrafuertes o el
suficiente espesor de los muros laterales que hubieran podido contrarrestar el empuje de la carga de las bóvedas.
Por tanto, la cubierta original fue con seguridad de tejado a dos aguas en la nave central, y en un plano inferior,
a una sola agua las laterales. Todo ello siguiendo modelos clásicos de basílicas romanas.
Diversos incendios destruyeron las cubiertas del templo. Las naves laterales
se cubrieron con bóveda de crucería hacia 1520 siguiendo el proyecto de Juan Segura. La central en
el mismo estilo, en 1598, siguiendo el plan de Juan de Bescós, y la triste reforma del ábside central ya
en 1790, decorándose con pinturas al fresco de fray Manuel Bayeu.
Las cubiertas de la nave transepto, son las originales del templo. Consisten
en bóvedas de medio cañón perpendiculares al eje mayor de la nave, y como ya se ha
visto, en esa intersección se erigió sobre cuatro arcos torales y trompas una magnífica e
innovadora bóveda.