Al interior, protegido con verja metálica y red, llaman la atención los restos de pinturas murales, tremendamente deteriorados por la erosión y el acumulo de excrementos de aves; así como la bonita bóveda semiesférica que se eleva sobre los arcos triunfales de los ábsides en funciones de torales y trompas, constituyendo entre ambas formaciones el paso del cuadrado al octógono sobre el que poder asentar la bóveda de media esfera. (Imágenes 11 y 12).
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Esta cabecera trebolada difiere de la de Toledo de La Nata en el hecho de que allí, la bóveda que se montó fue de arista, conforme a lo que solía en el estilo lombardo. Aquí, la "cuadratura del círculo" se resolvió por medio de trompas que permiten pasar de un cuadrado a un octógono. En la imagen 2, puede advertirse en detalle la técnica de este proceso. Un paso más en esta técnica lo podemos ver en Santa Eufemia de Cozollos en Palencia, donde añadieron ocho ménsulas a los ángulos del octógono resultante, para permitir el apeo de otros ocho pequeños lados, configurando en total un polígono de dieciséis lados, más fácilmente adaptable al círculo que ha de sustentar.
En el arranque de cada una de las trompas, hay una ménsula que sin duda debió de dar sustento a una imagen de cada uno de los Tetramorfos, como es habitual.
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Cada uno de los ábsides se compone de cilindro, imposta con ligera muesca y bóveda de cuarto de esfera. Están centrados por sendos ventanales de derrama doble, por debajo del nivel de la imposta.
Se cierran por medio de arcos triunfales, que apean en pilastras con intermedio de imposta. No hay capiteles. La función de los mismos la desempeñan las primeras piezas de las pilastras; con perfil decreciente desde la imposta.(Imágenes 5, 6 y 9).
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Las pinturas están muy deterioradas y a duras penas se pueden reconocer el paisaje de edificios de una ciudad; parte de la mandorla de un Pantócrator, con la pata de uno de los Tetramorfos (Imagen 7)... Y poco más, aparte de la greca geométrica que las enmarca bajo la imposta (Imágenes 8 a 10). A duras penas puede adivinarse una imagen de la Última Cena en el lado sur del ábside central.
Es curiosa la decoración que hubo en la imposta de los ábsides: una sucesión de franjas verticales rojas y amarillas, a modo del señal de Aragón (Imagen 11)
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Las marcas de cantero son frecuentes en la edificación, en especial al interior. Como ya se ha dicho delimitan dos fases edificativas en lo visto. Destaco, por su originalidad una que a modo de suela de zapato aparece en una dovela del arco triunfal del ábside norte (Imagen 10), así como en otra al exterior de la embocadura de la cabecera. En ambos casos la marca estuvo decorada con pigmento rojo, si bien en el caso del exterior, apenas se advierte el mismo por efectos de la erosión.
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