La portada sur del templo, con tímpano dedicado a su titular, San Miguel, es mucho más elaborada y probablemente algo más tardía. Sus figuras tienen ya un cierto aire gotizante.
Se compone de cuatro arquivoltas de arista viva, excepto la interior que se decora con baquetón y fina filigrana de zig-zag a cada lado del mismo. Las dos intermedias se adornan con gran zig-zag triple la interna y con rombos la externa. Por fuera de las cuatro, moldura de doble baquetón fino.(Imágenes 3 Y 5).
El intradós de la archivolta del triple zig-zag, está decorado con escudos pintados, uno en cada dovela. En la clave, sin zig-zag, al frontal cruz patada en pigmento rojo; probablemente de consagración. (Imagen 5)
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El tímpano de esta portada representa a San Miguel, en la típica escena de pesar las almas de los difuntos (Psicostasis), para ver si sus méritos son suficientes, en cuyo caso los esperan dos ángeles con lienzos dispuestos a recogerlas; o bien son atrapadas por los demonios saltarines con cabeza de perro que estiran del plato de la balanza hacia su lado. (Imagen 1) El fondo, también decorado con cenefa estrellada. Quedan restos de la policromía original del tímpano.
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El perfil y estilo general de la portada, al igual que la occidental, sigue el modelo del de Agüero. En ésta, se conservan las ménsulas y parte del tejaroz original.
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Las columnas que sustentan los capiteles, están decoradas, salvo las exteriores, con diversos motivos geométricos y vegetales. (Imágenes 6 y 7))
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En el intrados de la arquivolta interior de la portada sur hallamos restos pictóricos de ocho escudos heráldicos separados por círculos. No debieron de contabilizar bien las dovelas, pues en el lado derecho, hay dos escudos consecutivos:
