El interior del templo conserva mucho mejor que el exterior su estructura original. Puede advertirse en las imágenes 1 y 4 su composición a base de cabecera y nave de cinco tramos. Estos se delimitan por grupos de columnas formados cada uno de ellos por una semicolumna adosada a pilastra flanqueada a su vez por otras dos columnas ocupando el ángulo entre pilastra y muro. Por medio de capiteles, la semicolumna recibe el empuje de la dobladura del fajón, mientras que las columnas. laterales reciben al fajón en contacto con la bóveda apuntada. Fajones y dobladuras que poseen sus aristas rebajadas formando escocia.
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La articulación entre nave y cabecera se diseñó mediante un arco triunfal apuntado que apea en sendas parejas de semicolumnas adosadas rematadas en altura por parejas de capiteles (Imagen 15). A los pies del tempo se edificó en fecha posterior un coro alto en piedra decorado con delicada barandilla de yeseria gótico-flamígera del XV o XVI, al igual que el bonito púlpito que encontramos a mitad del lado norte de la nave (Imagen 4).
Los muros del templo se demolieron para añadir capillas laterales en cada uno de los tres primeros tramos de la nave, e incluso en el lado norte del ábside donde hay un bello retablo gótico tardío, del XV-XVI dedicado a Santa tecla y los Santos Cosme y Damián. El resto de las capillas se dedican a : La Coronación, San Blas y Santa Ana en el lado norte; y San José, Del santo Cristo y de la Virgen del Pilar en el lado sur (Ver planta).
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La cabecera del templo, a pesar de hallarse oculta en su mayor parte tras el retablo mayor, barroco churrigueresco, datado entre 1699 y 1734 puede apreciarse por ser practicable a través de una pequeña puerta en su lado sur. Gracias a ello se puede apreciar su estructura poligonal compuesta por cinco lienzos. Cada uno de los mismos consta de dos arcadas ciegas apeadas en capiteles y columnillas. Sobre las mismas, hay un gran ventanal en cada lienzo, derramado al interior y con una angosta aspillera al exterior (Imagen 6).
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Desde las columnas que flanquean los ventanales se elevan cuatro nervaduras que convergen en la clave del arco triunfal (Imagen 5).
El modelo de este templo es la iglesia de San Gil de Luna, la cual también sirviera de ejemplo para la edificación de San Salvador, si bien las modificaciones realizadas allá, han difuminado bastante su parentesco estilístico.
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En las imágenes 9 y 11 se aprecian las capillas abiertas en los laterales de cada uno de los tramos del templo. El soporte del evangelio está formado por un grupo de cuatro columnillas rematadas en simulación de capitel con decoración de estilizadas palmetas (Imagen 10).
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En las imágenes 12 a 16 pueden apreciarse algunos de los grupos de capiteles que sustentan los fajones, el arco triunfal y algunas de las nervaduras absidales. Su decoración es muy sencilla, a base de motivos geométricos o vegetales, dejando en buen número de ellos la mitad inferior de la cesta de menor diámetro y sin decoración.
Los capiteles de la zona inferior de la cabecera son de estilo sencillo, a base de hojas vegetales con piñas o volutas en sus ángulos (Imágenes 17 a 19).
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A los pies del templo, y en su lado sur, hallamos la pila bautismal, de notables dimensiones y sencilla en su hechura (Imagen 20). En la primera de las capillas del lado norte del templo (capilla de la Coronación), se hallaron pinturas góticas de estilo hispanoflamenco (S. XV) que representan el Árbol de Jessé (Imagen 21)
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En el lado norte de la cabecera del templo, hallamos empotrada una bella escultura con restos de policromía representando la Anunciación. Apareció durante las obras de restauración del templo de San Salvador, y fue trasladada y recolocada aquí. A pesar de su parcial deterioro, que ha hecho desaparecer las cabezas de la Virgen y el Ángel, su buena labra la hacen un valioso motivo escultórico.
Y presidiendo el retablo mayor del templo, hallamos la imagen de Santa María, talla gótica del siglo XIV, patrona del templo (Imagen 22).
