A la cripta se accede a través de una escalera intramuro de caracol, situada en el espesor del muro sur del templo (Ver planta) que va a salir en el ángulo suroeste de la cripta.(Imagen 8) La entrada natural a la misma es la bonita portada que centra el paso bajo el templo; pero no está practicable habitualmente; por lo que hay que recurrir a la dicha escalera.
Esta iglesia inferior, dedicada a Santa María del Perdón, es bastante más antigua que el resto del templo. Su origen se remonta, al menos al inicio del XII. Se corresponde con la cabecera de la iglesia superior y su transepto.
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A ambos lados de la embocadura del ábside central, encontramos cortas columnas que por medio de sendos capiteles dan apeo a arcos formeros muy peraltados (Imágenes 1 a 3)..
Dichos capiteles son de la mano del Maestro Esteban y están tallados con exquisito arte sobre muy buena piedra caliza de grano fino. Su conservación es excelente. Los ábacos no desmerecen en absoluto de sus capiteles. Se ha hablado mucho sobre ellos, buscando explicaciones de origen musulmán a su iconografía: almas en pena lamentándose y almas-pájaro desesperadas picando sus patas... nunca sabremos con seguridad qué nos quiso transmitir el artista. Pero lo que si podemos y debemos de hacer es contemplar y admirar la perfección de su obra, en muchos otros sitios repetida; pero que en ningún otro alcanza esta calidad.
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Los ábsides constan de bóveda de cuarto de esfera y corto tramo cubierto con medio cañón en los laterales; y más largo en el central; que posee un fajón sobre pilastras entre ambos tramos, como en la iglesia superior. Precediendo a los tres, hay sendos arcos triunfales formados por doble fajón de medio punto bastante peraltados apeado en pilastras.
La nave de esta iglesia inferior se compone de dos cortos tramos articulados sobre dos enormes pilastras cilíndricas (Imágenes 10 y 12 ) que se elevan sobre pedestales cúbicos. En ellas apean fajones y formeros sobre imposta discontinua. De ellos arrancan también las bóvedas de arista que cubren los cuarteles de los dos tramos.
Las imágenes 13 y 14 muestran el acceso a la cripta a través de doble escalinata que abre a la portada del paso bajo la iglesia.
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En la base de la pilastra cilíndrica del lado sur, mirando hacia los altares y a ras de suelo hay una epigrafía de tosca ejecución que hace referencia al presbítero García. Pasando el cursor sobre la imagen 11 la verás resaltada. Se ha apuntado a que correspondiese al epitafio de García Garcés quien edificase la iglesia
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Esta cripta tiene un especial encanto, tanto por su decoración general como por su arcaica ejecución que la llevan atrás en el tiempo. Llama la atención la solución de las gruesas pilastras de sección circular en las que apean fajones y formeros muy peraltados así como sirven de arranque a las aristas de las bóvedas. Cuando uno espera ver recios pilares de sección cruciforme, esta solución sin duda sorprende.
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